北京大學生命科學學院林忠平教授在植物基因工程研究中，注重生物技術應用的安全問題。他認為，生物技術的利用，要有利于生物多樣性的保護，只有保護基因資源的多樣性，才能保護生態環境。
保護生態環境是植物生物技術的重要課題。北京大學生命科學學院林忠平教授領導的農業分子生物學實驗室，在植物對逆境脅迫的抗性基因工程、植物生物反應器生產藥用蛋白、植物次生代謝的基因調控、轉基因食品的致敏性評估等方面，研究取得了諸多成果，其中一些成果具重要和潛在的應用價值。
早年畢業于北京大學生物系并考取中國科學院植物研究所研究生的林忠平，長期從事細胞生物學和分子生物學研究。曾任課題組組長、基因工程中心主任。1995年調入北京大學蛋白質工程及植物基因工程國家重點實驗室，主攻分子生物學和植物基因工程研究。
林忠平教授早期研究植物分子生物學，最成功的是靈芝人工培養技術和藥效，著有《靈芝》一書，并推動這一傳統藥物的應用。他積極承擔國家973、863高技術研究計劃生物技術領域中的課題和國家重要科研項目，榮獲兩項省部級科技進步二等獎和多項其它獎，還有多項科研成果通過省部級成果鑒定。為使科研成果轉化成生產力，他在教育部和學校的安排下，多次到開展對口支援的新疆推廣生物技術的實際應用。他領導的實驗室還同一些農林業產業公司建立了長期良好的合作關系。他經常開展青少年科普工作，還指導殘疾學生學習高端的生物技術。
目前，他所領導的北大農業分子生物學實驗室，在提高植物對逆境脅迫的抗性方面，開展了克隆耐旱、耐寒相關基因，提高植物對不良環境的抵抗力的研究。將某些基因導入草坪草、棉花、玉米都已獲得成效。他還在新疆、東北等旱區和高寒地區拓展農業生物技術應用。在探索植物與環境之間復雜關系中，發現植物和內生菌基因組之間的信息交流對于植物的抗逆性是十分重要的。這方面的研究對于促進植物對環境的適應有很大幫助。
林忠平教授從事植物基因工程研究多年。他認為，基因是演化過來的，基因在變化之中。在生物系統發育和個體發育中基因是變化著的。在一個種群中，不同個體的基因也是有差異的。人類對基因變化的干預不是從基因工程的應用才開始的。他不贊成過分渲染基因工程的危害，而反對基因技術的應用。他強調生物的多樣性是非常珍貴的資源要大力保護，認為環境保護重要著力點應是生物多樣性的保護。他認為，人口劇增和城市化發展加速的今天，對生物多樣性的保護尤為重要。生物多樣性不僅保護了基因資源的多樣性，也保護了生態環境的健康發展。生物安全性研究不應局限于轉基因作物的安全性研究。人類的農業歷史就是生物資源和基因資源利用的歷史。人改變了許多動植物的基因，改變了它們的遺傳特性。人類的發展和經濟的提升必然涉及人對于生物物種的改良。林教授利用基因操作技術控制某些植物的代謝途徑，促進某些植物的器官積累對人有用的成分，例如大豆異黃酮、白藜蘆醇這些對人有保健價值的成分。他還利用植物和某些真菌作為一種生物反應器，用來生產某些藥用多肽。其中包括人的胰島素、免疫調節蛋白。目前已有一些動物試驗的結果證明植物和真菌反應器的產物有著很好的應用潛力。
林忠平教授十分注重生物技術應用中的安全問題。他認為，高新技術的應用一定要有利于生物多樣性的保護，在做遺傳改良的時候，還要考慮人類食品的安全。在科技部973項目的資助下，他的實驗室在生物技術安全性研究方面，出色地完成了關于轉基因作物潛在的致敏性的研究。這項研究就是考慮到某些人群對某類食品會產生過敏。他認為，做基因轉移時就要考慮新轉入的基因會不會導致植物中新的蛋白成分可能引發的致敏性，還要對轉基因產品中新的致敏性的變化作出評估。林忠平還主張利用生物技術，包括用轉基因技術來進行環境的凈化。利用高新生物技術可以創造新的綠色環境。他舉例說，他的實驗室利用轉基因技術可使植物耐受低氧的環境，從而提高了凈化環境的能力。他認為，利用生物處理污水、污泥是應當著力發展的。
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