環保部認為，2008年版的《全國生態功能區劃》已不能適應新時期生態安全與保護的形勢。其主要原因是，近10多年來我國部分區域生態系統變化劇烈，生態系統服務功能格局已經改變；同時，現行劃定的重要生態功能區范圍不能滿足國家和區域生態安全的要求，保護比例普遍較低；此外，受當時多種因素影響，生態功能區劃分不完善，一些具有重要生態功能的地區未能納入重要生態功能區范圍。

　　由環保部與中國科學院共同制定并發布的新版《全國生態功能區劃》將生態功能區劃分為3大類、9個類型和242個生態功能區。

　　新版《全國生態功能區劃》指出，由于數千年的開發歷史和巨大的人口壓力，我國各類生態系統受到不同程度的開發、干擾和破壞。生態系統退化，涵養水源、防風固沙、調蓄洪水、保持土壤、保護生物多樣性等生態系統服務功能明顯降低，并由此帶來一系列生態問題，區域生態安全面臨嚴重威脅。

　　根據新版《全國生態功能區劃》披露的數據，我國城鎮生態系統面積為25.4萬平方公里，占國土面積的2.7％，主要分布在中東部的京津冀、長江三角洲、珠江三角洲、遼東南、膠東半島、成渝地區、長江中游等地區。

　　新版《全國生態功能區劃》明確，全國共有重點城鎮群生態功能區28個，面積共計11.0萬平方公里，占全國國土面積的1.2％。"該類型區的主要生態問題:城鎮無序擴張，城鎮環境污染嚴重，環保設施嚴重滯后，城鎮生態功能低下，人居環境惡化。"對此，新版《全國生態功能區劃》提出，以生態環境承載力為基礎，規劃城市發展規模、產業方向等。

　　根據新版《全國生態功能區劃》，全國生態保護極重要區面積為343.6萬平方公里，較重要區面積為204.6萬平方公里，分別占全國國土面積的35.8％與21.3％。生態保護極重要區和較重要區總面積為548.2萬平方公里，占國土面積的57.1％。這些區域提供了全國水源涵養總量的82.6％，保護生物多樣性的自然棲息地總面積的75.9％，土壤保持總量的88.3％，固沙總量的64.3％。

　　對重要生態功能區，新版《全國生態功能區劃》提出，要加大國家和地方財政投入和轉移支付力度，建立并完善生態補償機制。鼓勵以重要生態功能區為依托，實施區域之間的橫向生態補償；在重要生態功能區劃定生態保護紅線，對生態功能及其保護狀況定期組織評估和考核，開展生態資產與生態系統生產總值核算，并公布結果。

　　"對生態退化嚴重、人類活動干擾較大的重要生態功能區實施重大生態保護與恢復工程，堅持自然恢復為主的原則，提高生態系統質量，增強生態系統服務功能。"新版《全國生態功能區劃》，在這一區域要持續降低重要生態功能區的人口壓力，減少當地居民對自然生態系統的經濟依賴。