公元1271年元朝定都北京，北京成為國都，無論是從遺跡遺存，還是文獻記載看，北京城市建設都有劃時代的意義。元大都是當時舉世聞名的大都市，建設有大規模的民居，胡同和四合院成為元大都的兩大基本元素。明王朝建立后，經濟社會得到較快發展。明都城從南京遷到北京，并分別從浙江、山西等處遷進數以萬計的富戶，有力推動了北京經濟的發展。在明代，制磚技術空前發達，這個時期出現的《魯班經》《三才圖會》等書籍，說明明代不僅第宅建設的實踐活動十分活躍，而且有理論方面的指導。

　　清代定都北京后，大量吸收漢文化，完全承襲了明代北京城的建筑和北京四合院風格。清王朝早期在北京實行了旗民分城居住制度，令城內的漢人全部遷到外城，內城只留滿人居住。這一措施客觀上促進了外城的發展，也使內城的第宅得到進一步調整充實。清代最有代表性的居住建筑是宮室式第宅，也就是官僚、地主、富商居住的大中型四合院。清代是北京四合院發展的巔峰時期。清代后期，中國逐漸淪為半封建半殖民地社會，北京四合院的發展開始走下坡路。在外族入侵和西方文化滲入的影響下，北京傳統住宅建筑也受到一定影響。這個時期建造的四合院，或多或少加進了一些西洋建筑的裝飾成分，最典型的就是圓明園式隨墻門的出現。

　　受"西學東漸"之風影響，北京四合院人為標榜自己為"新派"代表，也有一些在宅內興建洋樓，但為數不多。總的來說，這個時期，北京的傳統民居基本保持了明清型制。日本帝國主義侵華，使中國社會發生了很大變化。由于通貨膨脹，物價上漲，市民經濟狀況每況愈下，很多原來住獨門獨院的居民已經沒有能力供養更多的房子，只好將多余的房子出租，以租金來補貼生活。市民的住房越來越少，院里的房客越來越多。獨門獨戶的四合院開始變成多戶雜居的大雜院，四合院的居住性質發生了變化。

　　1949年以后，北京傳統四合院在使用上出現了根本性變化。由于所有制的變更，很多清代遺留下來的王府、宅院由私產變為公產。它們不再為昔日的貴族所占有，轉而成為國家機關、學校、醫院、工廠、幼兒園、俱樂部等公用住房。使用功能的改變，使得建筑本身與使用者的需求之間產生了難以解決的矛盾。最終的結果，不是人服從建筑，而是建筑被人所改造。

　　那些仍作為住宅用的院落，己不再獨家占有，變為多戶居住的大雜院。這些用途上的變化，使四合院難以繼續保持昔日的深邃、安謐、幽雅。文化大革命的浩劫，是北京四合院罹難最為嚴重的時期。60年代末的紅衛兵"掃四舊"，將四合院中精美的磚雕、木雕、石刻、彩繪盡行掃蕩，無數價值極高的藝術品，或被砸成碎塊，或被抹上泥灰，能得以幸存者寥寥無幾。緊接著發生的為"備戰"搞的全民挖洞運動，嚴重破壞了四合院的原有格局和排水系統，造成無法彌補的后果。

　　文革以后，北京城市發展總體規劃中確定了四合院保護方針，使上述惡化趨勢有所控制，但是大規模舊城改造運動與四合院的保護之間，又出現了尖銳的矛盾，建設性破壞時有發生，如何解決好舊城改造和四合院保護的矛盾，仍是需要認真研究的課題。

　　上世紀80年代后期，北京四合院又出現了一種新的景象：一些移居北京的僑民和在改革開放中先富起來的人們，抱著懷舊和對傳統文化崇尚的心理，在四合院集中的地方買下舊院，重新翻建四合院。有些長期居住在中國的外國人也開始征地建房，住進了傳統的中國民居。這種新四合院大多采用傳統建筑的外形和色彩，室內則是暖氣、上下水、衛生間、空調等現代化設施和高檔裝修。